결손금·이월결손금 분쟁
법인세 공제와 과세관청 대응

결손금의 정의

법인세는 각 사업연도의 익금 총액에서 손금 총액을 뺀 '소득금액'을 기준으로 과세합니다. 손금이 익금보다 많아 이 차액이 음수가 되면 그 사업연도에 결손금이 발생한 것입니다. 결손금이 발생한 연도에는 과세할 소득이 없으므로 법인세가 부과되지 않습니다.

그러나 한 해 손실을 본 법인이 다음 해에 이익을 냈다고 해서 그 이익 전부에 곧바로 과세한다면, 사업의 장기적 성과를 왜곡하게 됩니다. 이를 보정하기 위한 제도가 이월결손금 공제입니다.

이월결손금의 정의

이월결손금이란, 과거 사업연도에 발생한 결손금 중 그 후 사업연도의 과세표준을 계산할 때 소득금액에서 공제할 수 있는 금액을 말합니다. 즉 과거의 손실을 미래의 이익과 상계하여 실질 부담능력에 맞게 과세하도록 하는 장치입니다.

공제 기간 — 15년

2020년 1월 1일 이후 개시하는 사업연도에 발생한 결손금은 발생연도 개시일로부터 15년 이내에 개시하는 사업연도의 소득에서 공제할 수 있습니다. 그 이전(2009년~2019년 발생분)은 10년, 더 이전 발생분은 5년의 이월공제 기간이 적용되었으므로, 결손금의 발생연도에 따라 적용 기간이 달라지는 점에 유의해야 합니다.

공제 한도 — 소득의 80% / 중소기업 100%

이월결손금 공제는 각 사업연도 소득의 일정 비율을 한도로 합니다. 2026년 기준, 일반법인은 각 사업연도 소득의 80%를 한도로 공제할 수 있으며, 중소기업과 일정한 회생·구조조정 대상 법인은 소득의 100%까지 공제할 수 있습니다.

순차 공제 원칙

여러 사업연도에 걸쳐 결손금이 누적되어 있는 경우, 먼저 발생한 결손금(오래된 것)부터 차례로 공제합니다. 이는 이월공제 기간 도과로 공제 기회를 상실하는 것을 막기 위한 원칙으로, 공제 순서를 잘못 적용하면 공제 가능 금액이 달라질 수 있습니다.

단계별 흐름

공제 자료 체크리스트

결손금의 존부·금액 다툼

가장 흔한 분쟁은 결손금 발생 자체나 그 금액을 과세관청이 인정하지 않는 경우입니다. 가공경비 계상, 매출 누락, 부당행위계산 부인 등으로 손금이 부인되면 신고했던 결손금이 줄어들거나 소멸하고, 그 결과 이후 공제했던 이월결손금도 부인되어 추징으로 이어집니다.

공제 한도·순서 적용 오류

일반법인이 소득의 80% 한도를 초과하여 공제하거나, 중소기업 요건을 충족하지 못하면서 100% 한도를 적용한 경우 분쟁이 발생합니다. 또 오래된 결손금부터 순차로 공제하지 않아 이월공제 기간이 도과한 결손금이 사장되는 사례도 있습니다.

합병·분할 시 결손금 승계 다툼

합병·분할 등 조직재편 과정에서 피합병법인 등의 이월결손금을 합병법인이 승계하여 공제할 수 있는지가 자주 문제됩니다. 세법은 적격합병 등 일정 요건을 충족하는 경우에 한해 승계를 허용하며, 승계 후에도 사업별 구분경리를 통해 승계받은 결손금은 해당 사업에서 발생한 소득의 범위에서만 공제하도록 제한합니다. 이 요건 충족 여부가 분쟁의 핵심이 됩니다.

과세 처분 전후의 대응

세무조사 결과 결손금이 부인될 것으로 예상되면, 과세예고통지 단계에서 과세전적부심사를 청구해 처분 전에 다툴 수 있습니다. 과세 처분이 이루어진 뒤에는 이의신청, 국세청 심사청구 또는 조세심판원 심판청구를 거쳐, 그래도 구제되지 않으면 행정소송으로 다투게 됩니다.

경정청구를 통한 권리 회복

반대로 법인이 공제할 수 있었던 이월결손금을 누락하여 세금을 더 낸 경우에는 경정청구로 환급을 구할 수 있습니다. 통상 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있으며, 후발적 사유가 있는 경우에는 그 사유 발생을 안 날부터 별도 기간 내에 청구할 수 있습니다.